遺伝子組み換え食品に限らず，食品の安全性を確認するのは，実は非常に難しい。多くの人は，動物に食べさせて問題がないか確認すればいい，と考えるが，これが難しいのだ。まず，栄養成分としてパーフェクトの食品はなく，化学物質の毒性評価試験のように大量投与試験をすると，毒性が表れる前に栄養の偏りによる影響が出てしまう。
また，私たちが日常食べている食品も実は，毒性成分を含んでいる。トマトにはアルカロイド類が比較的多く，これもたくさん食べれば体に害になるし，ヒジキには無機ヒ素が多く，英国などは食べるのを禁じているほどだ。ジャガイモの芽や皮にあることで有名なソラニン・チャコニンは，可食部にも少しだが含まれている。多種類の発がん物質も，野菜など多くの食品が含有している。
しかも，毒性成分の多くは未知のもの。そして，栽培方法や気候変動などによっても，その毒性成分の数や量，質は変わる。さらに，作物は個体差も非常に大きい。
結局，遺伝子組換え作物にしても非組み換え作物にしても，リスクがある。その比較を動物に食べさせ行っても，差が出たときにそれが組換え技術由来のものなのか，栽培方法や作物の個体差などほかのファクターによるものなのか，区別するのは困難である。
松永和紀 (2010). 食の安全と環境：「気分のエコ」にはだまされない 日本評論社 pp.179-181
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