毛皮交易がもたらした害悪として，銃器，アルコール，タバコの他に，性病や伝染病をあげなくてはならない。性病は１７７８年のクック隊により，タヒチ，ハワイ，ヌートカ，さらにアラスカ半島西端のウナラスカ島にまで拡大された。１７９２年にヌートカ湾に上陸したスペイン人は，「先住民はすでに恐るべき梅毒の蔓延を経験し始めている」と記している。１８２０年ともなれば，ハドソン湾会社のフォート・ジョージでは，１０人中９人の従業員が梅毒の水銀治療を受けており，「一夜のヴィーナスは，３年間の水銀」なる警句が生まれた（Merk, 1931, p.99）。部族間戦争による死亡率も，銃器のために増大した。ヌートカ湾でのインディアン人口は，これらの理由のため，１７８８年の３０００−４０００人から，１８０４年には１５００人に減少している。しかし最大の被害をもたらした疾病は，内陸でと同様，周期的に沿岸各地を襲う天然痘だった。最初の感染源は恐らくスペイン船で，１７９２年にジョージ・ヴァンクーヴァーは，ピュージェット湾とジョージア海峡で，天然痘のため廃墟と化した多くの村落を目撃している。１７９５年にはハイダ族に天然痘が蔓延し，人口の３分の２が死亡した。チヌーク族にも，１７７６−７８年，１８０１−０２年に天然痘が広がっている。白人がもっとも恐れた屈強なトリンギット族でさえ，１８３５年１１月にシトカから広がった天然痘で，人口が１万人から６０００人まで減少してしまい，ロシア人士官によると「哀れな連中は，ハエが落ちるように死んでいった」。伝染病，銃器，アルコールなどのため，北米太平洋岸のインディアン人口は１７７４年の１８．８万人から，１８７４年までの１００年間で３．８万人にまで激減したと推計される。
木村和男 (2004). 毛皮交易が創る世界：ハドソン湾からユーラシアへ 岩波書店 pp.131-132
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