1977年，生物学者カール・ウーズ（1928〜2012）は，この16S RNA遺伝子の塩基配列を解析し，それまで五界説において「モネラ界」としてひとくくりにされていた原核生物が，じつは大きく異なる２つのグループに別れることに気付いた。
１つは，私たちの身の回りに多く生息し，時には病原体となる原核生物グループ。すなわち大腸菌やブドウ球菌，肺炎球菌，赤痢菌といった病原菌や，乳酸菌，納豆菌といった食品製造に使われる細菌など，私たちに比較的身近なものがこのグループに含まれる。
そしてもう１つは，私たちの身の回りにはあまり生息せず，どちらかといえば高温の熱水中や極めて高い塩濃度の環境下，硫黄を大量に含む環境など，極限的な環境に生息するような原核生物のグループである。
そこでウーズは1990年，前者を「細菌」（Bacteria），後者を「古細菌」（Archaea）とよぶことを提案した。原核生物が，細菌と古細菌という２つのグループに分かれるというわけである。一方，「真核生物」（Eukarya）については，これを全体の１つのグループとした。
そしてこの３つを，「界」（kingdom）よりも上のレベルのくくりという位置づけで，「ドメイン（超界）」（domain）とよぶことを提案したのである。
武村政春 (2015). 巨大ウイルスと第４のドメイン：生命進化論のパラダイムシフト 講談社 pp.82-84
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