第２に，アルコールよりはるかに凶暴にインディアンに襲いかかり，ジェノサイド的な猛威を振るったのは，ヨーロッパからの伝染病である。１９世紀半ばまで天然痘，麻疹，百日咳などが数度にわたって大流行し，インディアンに破滅的な打撃を与えた。伝染病の影響は時代，地域，部族によって異なる。最初に天然痘が，ヨーロッパ人の内陸進出と符節を合わせ，１７８１−８２年に大流行した。図７が示すように，病原菌は８０年に南のミシシッピ川。ミズーリ川を上流へさかのぼって北へ転じ，プレーリーで最初の死者が報告されたのは，８１年１０月だった。さらに南サスカチュワン川上流に達し，そこから北へ東へと向かった伝染病は，１１月には南北サスカチュワン川の合流点，翌月には下流のカンバーランド・ハウスへと広がる。アシニボイン，ブラックフット，クリー族を次々と襲った天然痘は，ヨーロッパ起源の伝染病が無免疫の非ヨーロッパ人に広がった古典的な事例となった。
木村和男 (2004). 毛皮交易が創る世界：ハドソン湾からユーラシアへ 岩波書店 pp.77-78
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